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專書論文
- 皮國立，〈新中醫的實踐與困境－惲鐵樵(1878-1935)談《傷寒論》與細菌學〉，第八屆科學史研討會彙刊，臺北：中央研究院科學史委員會，2007，頁169-201。
- 皮國立，〈孫中山之死與中西醫論戰〉，《兩岸三地歷史學研究生研討會論文選集》，臺北：政大歷史系。2007，頁215-242。
- 皮國立，〈論爭前的和諧—近代中西醫知識中的「熱病」論述初探〉，《清代以來的疾病、醫療和衛生》，香港：三聯書店，2009，頁189-215。
- 皮國立，〈所謂「國醫」的內涵〉，《國學文摘》第1輯，北京：高等教育出版社，2011，頁237-240。
- 皮國立、沈明得等人合編，《歷史經典與文獻選讀》，臺北：翰蘆圖書，2012。
- 皮國立，〈抗戰前蔣介石的日常醫療經驗與衛生觀〉，《蔣介石的日常生活》（ISBN：9789866475283），臺北：政大人文中心，2012，頁381-752。
- 皮國立，〈回首來時有感—重讀《中醫近代史》〉，《中醫思想者(第2輯)》，北京：中國中醫藥出版社，2013，頁287-303。
- 皮國立，〈十六章：國醫：近代中醫的轉型與再造〉，《近代中國的知識與制度轉型》，北京：經濟科學出版社，2013，頁592-630。後再收入桑兵、關曉紅的《近代國字型大小事物的命運》(上海：上海人民出版社，2020)一書第4章。
- 皮國立，〈中醫文獻與學術轉型—以熱病醫籍為中心的考察(1912-1949)〉，《技術遺產與科學傳統》，北京：中國科學技術出版，2013，頁223-318。
- 皮國立，〈「育」與「規訓」的政治化身體——以50年代蔣中正的言論為中心之研究〉，《同舟共濟：蔣中正與1950年代的臺灣》，臺北：國立中正紀念堂管理處，2014，頁71-127。
- 皮國立，〈中西醫學話語與近代商業論述──以《申報》上的「痧藥水」為例〉，《傳播視野與中國研究》，上海：上海人民出版社，2014，頁257-287。
- 皮國立，〈民國時期的中國醫學史教科書與醫史教育〉，《近代中國的知識生產與文化政治》。上海：復旦大學出版社，2014，頁40-66。
- 皮國立，〈抗戰前蔣介石的日常醫療經驗與衛生觀〉，《蔣介石的日常生活》，北京：社會科學文獻出版社，2015與香港：天地圖書 ，2014。
- 皮國立，〈清代外感熱病史──寒溫論爭再談中醫疾病史的詮釋問題〉，《中國史新論．醫學史分冊》，臺北：聯經出版社，2015，頁475-526。
- 皮國立，〈國共內戰時期的化學戰(1946-1949)〉，《國軍與現代中國》，臺北：國史館、中正紀念堂，2015，頁271-301。
- 劉士永、皮國立主編，《衛生史新視野：華人社會的身體、疾病與歷史論述》，臺北：華藝學術出版，2016。
- 皮國立，〈民國時期農村的醫療與衛生－以基督教人士之相關言論為主的分析〉，《華人情境下的基督宗教與社會關懷》，臺北：國立中央大學、遠流出版社，2016，頁229-252。。
- 皮國立，〈1960年代蔣中正與臺灣「現代國民」的身體治理與教育〉，《1960年代的臺灣》，臺北：中正紀念堂管理處，2017，頁273-322。
- 陳光華、皮國立、游智勝，〈論證中國疫病史之難：以金末「汴京大疫」是否為鼠疫為例〉，《藥品疾病與社會》，上海：上海古籍出版社，2018，頁50-91。
- 皮國立，〈近代中醫的防疫技術與抗菌思想〉，《藥品疾病與社會》，上海：上海古籍出版社，2018，頁278-380。
- 皮國立訪談、整理，〈張嘉侃醫師訪問記錄〉，收入游鑑明等，《振興醫院五十週年－口述歷史回顧》下冊，臺北：中央研究院近代史研究所，2018。
- 皮國立，〈當｢營養｣成商品－維他命在近代中國(1920-1931)〉(頁345-371)，《1920年代的中國》，臺北：政治大學人文中心，2018，頁345-371。
- 皮國立，〈新史學之再維新——中國醫療史研究的回顧與展望(2011-2017)〉(頁439-462)，《當代歷史學新趨勢：理論、方法與實踐》，臺北：聯經出版社，2019，頁439-462。
- 皮國立，〈知識份子眼中的蔣介石與國共兩黨—以《竺可楨日記》(1936～1949)為中心〉(頁309-348)，《中華民國史研究：第3輯•在日記中找尋歷史》，北京：社會科學文獻出版社，2019，頁309-348 (另收入呂芳上主編，《日記中的蔣介石》，臺北：政大出版社，2020.5)。
- 皮國立，〈舊解讀與新詮釋－戰時報刊中的日軍細菌戰(1937-1945)〉，《抗日戰爭史研究新趨向論文集》（上海：上海社會科學院歷史所，2020），頁321-341。皮國立，〈北宋「老人」的食療與養生－以《奉親養老書》為核心的文獻分析〉，《宋元以來日常生活中的健康與生命》，北京：商務印書館，2020。(出版中)
- 皮國立，〈思考日記的另一角度：公衛史研究〉，呂芳上主編，《日記與民國史事》(臺北：政大人文中心，2020)，頁49-98。
- 皮國立，〈環境史視野下桃園水污染的問題(1970-2019)〉，何彩滿、魏立心主編，《桃李成蹊：桃園文史藝術與社會研究》(新北市：喆閎人文工作室、中原大學通識教育中心，2021)，頁12-59。
- 皮國立，〈從論「蟲」到治療江南「血吸蟲」的近代中醫史〉，《江南視域下的醫療社會文化史研究》(上海：上海科學技術出版社，2021)，頁2-27。
- 皮國立，〈抗戰前夕醫療技術變革的故事：中西醫急救、護理與外傷知識的初步匯通〉，《百變民國：1930年代之中國》(臺北：政治大學人文中心，2021)，頁243-275。
- 皮國立，〈當中醫初遇大流感〉，《瘟疫：歷史的啟示》，北京：商務印書館，2022。
- 皮國立，〈民國時期《黃帝內經》的出版、閱讀與學術轉型〉，《走過「廢除中醫」的時代：近代傳統醫學知識的變與常》(臺北：民國學社，2023)，頁89-128。
- 陳光華、皮國立、游智勝，〈從中醫臨床探討民國初年廢除中醫的論戰—兼論合理評價中醫的淺見〉，《走過「廢除中醫」的時代：近代傳統醫學知識的變與常》(臺北：民國學社，2023)，頁219-277。
- 皮國立，〈就業機會與經濟成長〉，《SDGs與臺灣教育場域的實踐》(臺北：全華圖書，2022)，第8章。
- 黃美娥、董延齡、林昭庚、孫茂峰、戴銘錫、皮國立，〈「臺北傳統漢醫藥」口述歷史座談〉，《臺北文獻》220期(2022.6)，頁31-38。
- 皮國立，〈大園地區的孤魂與厲鬼信仰考察〉，《航空城文化與軍事記憶》(桃園：桃園市文化局，2023)，頁377-403。
- 皮國立，〈「食療」：近代一個中西醫匯通名詞的誕生〉，《華人大補史：吃出一段近代東亞補養與科技的歷史》(臺北：時報出版社，2023)，頁15-68。
- 皮國立，〈寄生蟲知識的形成－從華佗療「吐蛇」之謎談起〉，侯嘉星主編，《物種與人類世：20世紀的動植物知識》(臺北：前衛出版社，2023)，頁37-54。
- 皮國立，〈「國藥」或「代用西藥」？戰時國產藥物的製造與研究〉，高晞、何安娜主編，《本草寰球記：5世紀以來的全球中藥貿易》，上海：中華書局，2023。
- 皮國立，〈關鍵二十年：中國民族主義歷史教育的興盛與式微〉，李又寧主編，《1949-1975 年間的台灣教育》(紐約：美國紐約天外出版社，2024)，頁1-37。