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专书论文
- 皮国立，〈新中医的实践与困境－恽铁樵(1878-1935)谈《伤寒论》与细菌学〉，第八届科学史研讨会汇刊，台北：中央研究院科学史委员会，2007，页169-201。
- 皮国立，〈孙中山之死与中西医论战〉，《两岸三地历史学研究生研讨会论文选集》，台北：政大历史系。2007，页215-242。
- 皮国立，〈论争前的和谐—近代中西医知识中的「热病」论述初探〉，《清代以来的疾病、医疗和卫生》，香港：三联书店，2009，页189-215。
- 皮国立，〈所谓「国医」的内涵〉，《国学文摘》第1辑，北京：高等教育出版社，2011，页237-240。
- 皮国立、沈明得等人合编，《历史经典与文献选读》，台北：翰芦图书，2012。
- 皮国立，〈抗战前蒋介石的日常医疗经验与卫生观〉，《蒋介石的日常生活》（ISBN：9789866475283），台北：政大人文中心，2012，页381-752。
- 皮国立，〈回首来时有感—重读《中医近代史》〉，《中医思想者(第2辑)》，北京：中国中医药出版社，2013，页287-303。
- 皮国立，〈十六章：国医：近代中医的转型与再造〉，《近代中国的知识与制度转型》，北京：经济科学出版社，2013，页592-630。后再收入桑兵、关晓红的《近代国字号事物的命运》(上海：上海人民出版社，2020)一书第4章。
- 皮国立，〈中医文献与学术转型—以热病医籍为中心的考察(1912-1949)〉，《技术遗产与科学传统》，北京：中国科学技术出版，2013，页223-318。
- 皮国立，〈「育」与「规训」的政治化身体——以50年代蒋中正的言论为中心之研究〉，《同舟共济：蒋中正与1950年代的台湾》，台北：国立中正纪念堂管理处，2014，页71-127。
- 皮国立，〈中西医学话语与近代商业论述──以《申报》上的「痧药水」为例〉，《传播视野与中国研究》，上海：上海人民出版社，2014，页257-287。
- 皮国立，〈民国时期的中国医学史教科书与医史教育〉，《近代中国的知识生产与文化政治》。上海：复旦大学出版社，2014，页40-66。
- 皮国立，〈抗战前蒋介石的日常医疗经验与卫生观〉，《蒋介石的日常生活》，北京：社会科学文献出版社，2015与香港：天地图书 ，2014。
- 皮国立，〈清代外感热病史──寒温论争再谈中医疾病史的诠释问题〉，《中国史新论．医学史分册》，台北：联经出版社，2015，页475-526。
- 皮国立，〈国共内战时期的化学战(1946-1949)〉，《国军与现代中国》，台北：国史馆、中正纪念堂，2015，页271-301。
- 刘士永、皮国立主编，《卫生史新视野：华人社会的身体、疾病与历史论述》，台北：华艺学术出版，2016。
- 皮国立，〈民国时期农村的医疗与卫生－以基督教人士之相关言论为主的分析〉，《华人情境下的基督宗教与社会关怀》，台北：国立中央大学、远流出版社，2016，页229-252。。
- 皮国立，〈1960年代蒋中正与台湾「现代国民」的身体治理与教育〉，《1960年代的台湾》，台北：中正纪念堂管理处，2017，页273-322。
- 陈光华、皮国立、游智胜，〈论证中国疫病史之难：以金末「汴京大疫」是否为鼠疫为例〉，《药品疾病与社会》，上海：上海古籍出版社，2018，页50-91。
- 皮国立，〈近代中医的防疫技术与抗菌思想〉，《药品疾病与社会》，上海：上海古籍出版社，2018，页278-380。
- 皮国立访谈、整理，〈张嘉侃医师访问记录〉，收入游鑑明等，《振兴医院五十周年－口述历史回顾》下册，台北：中央研究院近代史研究所，2018。
- 皮国立，〈当｢营养｣成商品－维他命在近代中国(1920-1931)〉(页345-371)，《1920年代的中国》，台北：政治大学人文中心，2018，页345-371。
- 皮国立，〈新史学之再维新——中国医疗史研究的回顾与展望(2011-2017)〉(页439-462)，《当代历史学新趋势：理论、方法与实践》，台北：联经出版社，2019，页439-462。
- 皮国立，〈知识份子眼中的蒋介石与国共两党—以《竺可桢日记》(1936～1949)为中心〉(页309-348)，《中华民国史研究：第3辑•在日记中找寻历史》，北京：社会科学文献出版社，2019，页309-348 (另收入吕芳上主编，《日记中的蒋介石》，台北：政大出版社，2020.5)。
- 皮国立，〈旧解读与新诠释－战时报刊中的日军细菌战(1937-1945)〉，《抗日战争史研究新趋向论文集》（上海：上海社会科学院历史所，2020），页321-341。皮国立，〈北宋「老人」的食疗与养生－以《奉亲养老书》为核心的文献分析〉，《宋元以来日常生活中的健康与生命》，北京：商务印书馆，2020。(出版中)
- 皮国立，〈思考日记的另一角度：公卫史研究〉，吕芳上主编，《日记与民国史事》(台北：政大人文中心，2020)，页49-98。
- 皮国立，〈环境史视野下桃园水污染的问题(1970-2019)〉，何彩满、魏立心主编，《桃李成蹊：桃园文史艺术与社会研究》(新北市：喆闳人文工作室、中原大学通识教育中心，2021)，页12-59。
- 皮国立，〈从论「虫」到治疗江南「血吸虫」的近代中医史〉，《江南视域下的医疗社会文化史研究》(上海：上海科学技术出版社，2021)，页2-27。
- 皮国立，〈抗战前夕医疗技术变革的故事：中西医急救、护理与外伤知识的初步汇通〉，《百变民国：1930年代之中国》(台北：政治大学人文中心，2021)，页243-275。
- 皮国立，〈当中医初遇大流感〉，《瘟疫：历史的启示》，北京：商务印书馆，2022。
- 皮国立，〈民国时期《黄帝内经》的出版、阅读与学术转型〉，《走过「废除中医」的时代：近代传统医学知识的变与常》(台北：民国学社，2023)，页89-128。
- 陈光华、皮国立、游智胜，〈从中医临床探讨民国初年废除中医的论战—兼论合理评价中医的浅见〉，《走过「废除中医」的时代：近代传统医学知识的变与常》(台北：民国学社，2023)，页219-277。
- 皮国立，〈就业机会与经济成长〉，《SDGs与台湾教育场域的实践》(台北：全华图书，2022)，第8章。
- 黄美娥、董延龄、林昭庚、孙茂峰、戴铭锡、皮国立，〈「台北传统汉医药」口述历史座谈〉，《台北文献》220期(2022.6)，页31-38。
- 皮国立，〈大园地区的孤魂与厉鬼信仰考察〉，《航空城文化与军事记忆》(桃园：桃园市文化局，2023)，页377-403。
- 皮国立，〈「食疗」：近代一个中西医汇通名词的诞生〉，《华人大补史：吃出一段近代东亚补养与科技的历史》(台北：时报出版社，2023)，页15-68。
- 皮国立，〈寄生虫知识的形成－从华佗疗「吐蛇」之谜谈起〉，侯嘉星主编，《物种与人类世：20世纪的动植物知识》(台北：前卫出版社，2023)，页37-54。
- 皮国立，〈「国药」或「代用西药」？战时国产药物的制造与研究〉，高晞、何安娜主编，《本草寰球记：5世纪以来的全球中药贸易》，上海：中华书局，2023。
- 皮国立，〈关键二十年：中国民族主义历史教育的兴盛与式微〉，李又宁主编，《1949-1975 年间的台湾教育》(纽约：美国纽约天外出版社，2024)，页1-37。