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期刊論文
1. 吳學明，1977.5，〈由墨子探討墨子的政治思想〉，《史轍》，第2期，頁45-64。2. 吳學明，1984.1，〈金廣福的組成及其資金〉，《史聯雜誌》，第4期，頁21-52 。
3. 吳學明，1984.12，〈北部台灣的隘墾組織 ── 以「金廣福」為例〉，《臺北文獻》，直字第76期，頁161-230 。
4. 吳學明，1985.9，〈北埔姜家史料的發掘與金廣福史實的重建〉，《台灣風物》，第35卷，第3期，頁121-147。
5. 吳學明，1988.12，〈北台灣第一書院 ── 泰山明志書院沿革之研究〉，《臺北文獻》，直字第86期，頁103-118 。
6. 吳學明，1994.3，〈日本殖民統治下台灣鄉村社會的變遷 ── 以新竹北埔為例〉，《臺北文獻》，直字第107期，頁23-67 。（國科會研究成果獎助）
7. 吳學明，1994.5，〈清代竹塹城周姓族人研究〉，《明志工專學報》，第 26 期，頁219-232 。
8. 吳學明，1994.9，〈清代頭前溪中上游地區的土地開墾(上)、(下)〉，《臺北文獻》，直字第108（頁1-48）、109期，頁16-67。（國科會研究成果獎助）
9. 吳學明，1995.5，〈蕭一山的「民族革命」史觀〉，《明志工專學報》，第 27 期，頁255-268 。
10. 吳學明，1995.12，〈清代一個務實拓墾家族的研究 ── 以新竹姜朝鳳家族為例〉，《台灣史研究》，第 2 卷第 2 期，頁5-52。（國科會研究成果獎助）
11. 吳學明，1997.9，〈台灣基督長老教會的三自運動 (1865-1945)〉，《臺北文獻》，直字第121 期，頁 83-152 。（國科會研究成果獎助）
12. 吳學明，1999.12，〈台灣基督長老教會入台初期的一個文化面相「靠番仔勢」〉，《國立台南師範大學鄉土文化研究所學報》，第1期，頁101-130 。
13. 吳學明，1999.12，〈閩粵關係與新竹地區的土地開墾〉，《客家文化研究通訊》，第2期，頁15-19。
14. 吳學明，2003.9，〈基督長老教會在南台灣的傳教與擴展 ( 1865-1945 )〉，《史匯》，第7期，頁1-26 。
15. 吳學明，2003.12，〈臺灣齋堂個案研究──以大溪齋明寺為中心〉，《人文學報》，第 28 期，頁125-166 。
16. 吳學明，2004.4，〈終戰前臺南「長老教中學」的歷史觀察〉，《國立台南師範學院學報》第 38 卷第1期，頁1-24 。
17. 吳學明，2012.12，〈終戰前在臺基督教派關係之研究〉，《臺灣文獻》第63卷第4期，頁101-136。
18. 吳學明，2016.3，〈楊梅的土地拓墾與義民信仰祭典區之歷史考察〉，《桃園文獻》，創刊號，頁45-74。
19.吳學明，2017.6，〈大溪源流:齋明寺和客家族群之間的流變〉，《桃園客家》，第8期，頁12-15。
20.吳學明，2017.9，〈南崁褒忠亭:兼談桃園市的義民信仰〉，《桃園客家》，第9期，頁106-115。
21.吳學明，2018.3，〈乩童與義民信仰的擴散〉，《新竹文獻》，第68期，頁8-26。