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专书
1. 吴学明，1986，《金广福垦隘与新竹东南山区的开发（ 1834-1985 ）》，国立台湾师大历史所专刊第14 种，台北：国立台湾师范大学历史所。2. 吴学明，1998，《头前溪中上游开垦史暨史料汇编》，新竹：新竹县立文化中心。
3. 吴学明，2000，《金广福大隘研究》（上下册），新竹：新竹县立文化中心。
4. 吴学明，2003，《从依赖到自立──台湾南部基督长老教会研究》，台南：人光出版社。
5. 吴学明，2006，《台湾基督长老教会研究》，台北：宇宙光出版社。
6. 吴学明，2007，《近代长老教会来台的西方传教士》，台北：国立编译馆。
7. 吴学明，2012年6月，《古文书的解读与研究（上）、（下）》，新竹：新竹县政府文化局。(荣获国史馆台湾文献馆102年度「奖励出版文献书刊暨推广文献研究」得奖书刊学术性书刊第一名)
8. 吴学明，2013年10月，《变与不变：义民爷信仰之扩张与演变》，南投市：国史馆台湾文献馆、客家委员会。
9. 吴学明，2015年11月，《六家林氏古文书》，新竹：新竹县政府文化局。